Třeboňsko je mezinárodní organizací Birdlife International klasifikováno jako tzv. Important Bird Areas (IBAs) - Evropsky významná ptačí území. Rybniční, mokřadní a lesnatá krajina Třeboňska má výborné podmínky zejména pro  vodní ptáky a ptáky lesů. Trvale zde hnízdí některé významné a ohrožené druhy, jako je např. orel mořský, rybák obecný, hohol severní, kvakoš noční, lesní sovy (sýc rousný, kulíšek nejmenší, čáp černý, lelek lesní apod.). 

Pro řadu tažných druhů je Třeboňsko důležitou zastávkou na  migrační cestě, nalézají zde dobré možnosti odpočinku a potravní zdroje pro doplnění sil. To  je případ severských populací vzácnějších druhů kachen (lžičák pestrý, zrzohlávka rudozobá), hus nebo různých druhů bahňáků (jespáci, kulíci, vodouši). Pro některé místní druhy je oblast pravidelným shromaždištěm před obdobím tahu (např. husa divoká). Třeboňsko je tradiční oblastí ornitologického výzkumu, zejména zaměřeného na  vodní ptáky. V národní přírodní rezervaci Velký a Malý Tisý se nachází terénní stanice Národního muzea a v území probíhá pravidelný monitoring ptáků i výzkumné projekty několika pracovišť vysokých škol.